xlsx は、今の Excel が標準で使うファイルの形式です。見た目は 1 つのファイルですが、中身は、シートの値、書式、画像、図形の配置などを、それぞれ別のファイルにして 1 つにまとめた形になっています。古い Excel の xls という形式とは、作りが違います。
この作りのため、表計算のソフトやプログラムの部品によっては、値は正しく読み書きできても、画像や図形の部分を保存のときに落としてしまうことがあります。当社の書類では、中に入っていたファイルの数が 33 から 13 に減り、見出しの画像が消えていました（Excel の様式の記事）。
決まった様式の xlsx を AI に直させるときは、元のファイルを別に残し、保存の前後で中身を比べ、Excel で開いて見た目を確かめます。数式で集計する表なら、Excel 自身に計算させて、値が合っているかも確かめます。