厚生労働省の説明では、法定の労働時間を超えて働いてもらうには、会社と、働く人の過半数で作る労働組合または過半数を代表する人との間で協定を結び、届け出る必要があります。この協定を時間外労働協定といい、労働基準法第 36 条に定めがあるので、一般に「36（サブロク）協定」と呼ばれます。
協定を届け出ても、残業の時間には上限があります（時間外労働の上限規制）。臨時的な特別の事情に備えて上限を超える取り決めを入れたものを、特別条項付きの協定と呼びます。特別条項で合意した時間は人や会社によって違うので、勤怠の仕組みで知らせを出すときは、社員ごとに登録しておく必要があります。
協定の中身は、勤怠の仕組みの設定と合わせておきます。協定で決めた時間と、仕組みに登録した上限の時間が違うと、知らせが早すぎたり遅すぎたりします。特別条項の時間を変えたときは、勤怠の仕組みに登録した時間も一緒に直します。
勤怠の数字を月の途中で確かめる設計はコラムにまとめています。